2장을 겹쳤을 때, 아래쪽은 보이지 않는 색종이처럼 멘델은 생명체의 성질도 겉으로 보기에는 한 가지 성질이지만, 실제로는 2가지 요인이 한 쌍으로 존재하여 나타낸다고 생각했습니다. 이는 생명체가 엄마, 아빠 양쪽에게서 각각 하나씩의 유전 인자를 물려받기 때문입니다. 이렇게 부모 양쪽에게서 물려받은 DNA 중 같은 기능을 수행하는 유전자들을
대립유전자(allele)라고 부릅니다. 멘델은 대립 유전자가 어떤 물질인지 알지 못했지만, 생물체의 몸에는 그 생물체의 특징을 모두 담고 있는 유전물질이 존재하고, 이 물질은 부모로부터 각각 하나씩 물려받기 때문에 항상 쌍으로 존재하며, 후손에게 물려줄 때에는 쌍으로 존재하던 유전 물질 중 하나만을 자손에게 물려준다는 것을 가정했었지요. 그의 이런 가정이 옳았다는 것은 수십 년이 지난 뒤에야 밝혀지게 됩니다.
이렇게 대립 유전자는 쌍으로 존재하는 유전 물질에 각각 존재하기 때문에 둘이 대립하게 되는데, 이들 사이에는 우열 관계가 존재해서 우성인 형질이 눈에 나타나지요. 어떤 경우, 한쪽이 다른 쪽보다 힘이 세서, 둘이 만나면 하나가 다른 하나를 누르고 혼자만 나타나려고 합니다. 마치 두 장의 색종이를 겹쳤을 때 위쪽 색종이의 색깔만 보이는 것처럼 말이죠. 완두에서는 완두의 색깔을 결정하는 유전자 중에서는 노란색 유전자가 초록색 유전자보다 힘이 센데, 이 때 힘이 센 유전자를 ‘우성’, 힘이 약한 유전자를 ‘열성’이라고 부릅니다. 앞서 예를 들었던 사람의 눈의 경우, 갈색눈의 유전자가 파란눈의 유전자보다 우성이므로, 갈색눈을 가진 사람이라도 파란눈의 유전자를 가지고 있을 수 있기 때문에 때때로 이들 사이에서도 파란눈을 가진 아이들이 태어날 수 있는 것이랍니다. 이처럼 두 가지 성질을 가진 생명체를 교배했을 때 첫 번째 자식들에게서는 두 성질 중 더 힘이 센 유전자의 특징만 나타나게 되고, 잡종 2세대에서는 다시 이 유전 형질들이 분리되어 이전 세대에서는 사라졌던 특징들이 다시 나타나게 되는데, 전자를 ‘우열의 법칙(Law of Dominance)’, 후자를 ‘분리의 법칙(Law of Segregation)’이라고 합니다.
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